Începuturile colecției muzeale datează din anul 1796 când, la Colegiul Academic Bethlen Gábor, a fost înființat RARITATUM ET RERUM NATURALIUM MUSEUM. Din 1950 colecțiile ce țin de domeniul istoriei și al arheologiei au fost transferate în clădirea fostului Palat Princiar (Castelul Bethlen). Din anul 2021, instituția este subordonată Centrului Multicultural ”Liviu Rebreanu” – Direcția Municipală de Cultură.
Patrimoniul muzeului cuprinde o serie de artefacte datate în diverse perioade istorice. Între vestigiile încadrate cronologic între paleoliticul final și începutul primei vârste a fierului, remarcabile sunt piesele din depozitele de bronzuri de la Aiud și Șpălnaca, două dintre cele mai importante depozite de acest gen din arealul transilvan. Epoca fierului propriu-zisă este reprezentată prin artefacte ce aparțin atât populației autohtone cât și migratorilor sciți și celți. Cronologic, urmează artefacte datând din perioada dacică clasică, perioada daco-romană (inclusiv monumente sculpturale și epigrafice), prefeudală (cuprinzând și piese de factură gepidică, slavă, maghiară), feudală și modernă. De importanță deosebită sunt și piesele etnografice din colecția Fenichel Samuel, trimise de către acesta din Papua-Noua Guinee la sfârșitul secolului XIX.
Temporar, din cauza lucrărilor de reabilitare a clădirii, muzeul este închis pentru vizitare.